Το ΠΑ.Κ.Ε.Κ. διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο αποτελείται από τον Αντιπρύτανη Έρευνας και Καινοτομίας, ως Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο και Διευθυντές των Ερευνητικών Ινστιτούτων ως μέλη.
Αρμοδιότητες συμβουλίου
- η λήψη αποφάσεων για θέματα που αφορούν στη διοίκηση και τη λειτουργία του ΠΑ.Κ.Ε.Κ.,
- η κατάρτιση Εσωτερικού Κανονισμού Λειτουργίας του ΠΑ.Κ.Ε.Κ. και η υποβολή αυτού προς έγκριση στη Σύγκλητο του Π.Δ.Μ.,
- η υποβολή γνώμης προς τη Σύγκλητο για την ίδρυση, συγχώνευση, κατάργηση ή μετονομασία των Ε.Ι.,
- η υποβολή εισήγησης για τον ορισμό Επιστημονικών Διευθυντών στα Ε.Ι.,
- η ρύθμιση θεμάτων λειτουργίας και χρήσης των κοινών ερευνητικών υποδομών και των λοιπών υποδομών του ΠΑ.Κ.Ε.Κ.,
- η σύνταξη και υποβολή προς τη Σύγκλητο τετραετούς αναπτυξιακού προγραμματισμού του ΠΑ.Κ.Ε.Κ.,
- η διαχείριση και αξιοποίηση ερευνητικών αποτελεσμάτων που παράγονται από τις δραστηριότητες του ΠΑ.Κ.Ε.Κ.,
- η υποβολή εισηγήσεων προς τα αρμόδια όργανα του Π.Δ.Μ. για τη χρήση ίδιων πόρων του Π.Δ.Μ. ή ταμειακών διαθεσίμων του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του Π.Δ.Μ. ή του Π.Δ.Μ. για την ανάπτυξη των δραστηριοτήτων του ΠΑ.Κ.Ε.Κ. και ιδίως των ερευνητικών και εργαστηριακών υποδομών του,
- η διαχείριση των πόρων του ΠΑ.Κ.Ε.Κ. γίνεται μέσω του Ε.Λ.Κ.Ε. του Π.Δ.Μ.,
- η άσκηση κάθε άλλης αρμοδιότητας που του ανατίθεται από τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας, εφόσον σχετίζεται με την εκπλήρωση των σκοπών του ΠΑ.Κ.Ε.Κ.,
- η υποβολή αιτημάτων προς τα αρμόδια όργανα για την πρόσληψη προσωπικού με οποιαδήποτε σχέση εργασίας και την προμήθεια ειδών και υπηρεσιών.
Κάθε Ινστιτούτο του Π.Ε.Κ. διοικείται από τριμελή συντονιστική επιτροπή, στην οποία μετέχει ως Πρόεδρος ο Διευθυντής του Ινστιτούτου
Αρμοδιότητες συντονιστικής επιτροπής
- καταρτίζει την ερευνητική και αναπτυξιακή πολιτική του Ινστιτούτου,
- συντάσσει τον ετήσιο προϋπολογισμό που αφορά τις δραστηριότητες του Ινστιτούτου,
- εισηγείται προς τα αρμόδια όργανα τον προϋπολογισμό και τη σύναψη συμβάσεων προσωπικού, προμηθειών και υπηρεσιών που συνάπτει το Ινστιτούτο στο πλαίσιο του έργου της περίπτωσης δ΄ της παραγράφου 10,
- λαμβάνει κάθε άλλη σχετική απόφαση για ενέργειες που σχετίζονται με την εκπλήρωση των σκοπών του, σύμφωνα με όσα ορίζονται ειδικότερα στον εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας της παραγράφου 13.
Αρμοδιότητες Διευθυντή του Ινστιτούτου
- φέρει την ευθύνη για τη λειτουργία του Ινστιτούτου,
- εισηγείται στο Συμβούλιο του Π.Ε.Κ. το ερευνητικό και αναπτυξιακό πρόγραμμα του Ινστιτούτου,
- προΐσταται των υπηρεσιών του Ινστιτούτου,
- ασκεί κάθε άλλη αρμοδιότητα που του ανατίθεται από το Συμβούλιο του Π.Ε.Κ. ή που ορίζεται ειδικότερα στον εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας της παραγράφου 13. Αν ο Διευθυντής ελλείπει ή κωλύεται να ασκήσει τα καθήκοντά του ως μέλος του Συμβουλίου, τα καθήκοντα αυτά ασκούνται από μέλος της τριμελούς συντονιστικής επιτροπής, το οποίο ορίζεται κατά την πρώτη συνεδρίαση της επιτροπής, ύστερα από μυστική ψηφοφορία μεταξύ των μελών της. Αν ο Διευθυντής ελλείπει ή κωλύεται να ασκήσει τα καθήκοντά του ως μέλος της τριμελούς συντονιστικής επιτροπής, τα καθήκοντά του ασκούνται από τον Αντιπρόεδρο του Συμβουλίου του Π.Ε.Κ.